Penitensiar xidmətin Baş idarəsinin Qeydiyyat şöbəsi bu sahədə işi təşkil və təmin edir, yerli qurumların fəaliyyətinə nəzarəti həyata keçirir. Penitensiar müəssisələrin qeydiyyat qurumları həbs edilmiş şəxslərin və məhkumların fərdi və say uçotunu aparır, onların yerdəyişmələrini nəzarətdə saxlayır, həbs edilmiş şəxslərin və məhkumların mərkəzləşdirilmiş uçotun aparılması üçün uçot sənədlərini bu təlimatla müəyyən olunmuş qaydada və müddətdə tərtib edir, onları Daxili İşlər Nazirliyinin Baş Əməliyyat və Statistik İnformasiya İdarəsinə göndərir, həbs edilmiş şəxslərin və məhkumların sayı, tərkibi və yerdəyişmələri barədə statistik məlumatların Dövlət Statistika Komitəsinə təqdim edilməsi üçün Baş idarəyə yazılı hesabat verir.
Həmin qurumlar həmçinin həbs edilmiş şəxslərin və məhkumların şəxsi işlərini qeydiyyata alır, öyrənir, aşkar olunmuş qüsurların aradan qaldırılmasını və qanunvericilikdə müəyyən edilmiş qaydada qeydiyyatdan çıxarıldıqda arxivə verilməsini təmin edir, apellyasiya, kassasiya şikayətlərinin, eləcə də prosessual müddətlərlə bağlı digər müraciət və sənədlərin qeydiyyatını aparır, habelə onların həlli ilə bağlı maraqlı tərəfləri məlumatlandırır, əfvetmə haqqında müraciətlərə dair müvafiq sənədləri Tərbiyə işinin təşkili və tibb xidməti ilə birlikdə hazırlayır və sorğu üzrə təqdim olunmasını təmin edir, həbs edilmiş şəxslərin və məhkumların azad edilmələrinə nəzarəti həyata keçirir və azadetmə ilə əlaqədar müvafiq sənədləri tərtib edir, həbs edilmiş şəxslərin və məhkumların saxlanılma müddətlərinə nəzarəti həyata keçirir, həbs edilmiş şəxslərin və məhkumların yerdəyişmələrinə dair sənədləri hazırlayır, məhkumların cəzadan şərti olaraq vaxtından əvvəl azad edilməsi, cəzaçəkmə müəssisəsinin növünün dəyişdirilməsi, cəzanın çəkilməmiş hissəsinin daha yüngül cəza növü ilə əvəz edilməsi, xəstəliyə görə cəzanı çəkməkdən azad edilməsi, habelə cəzanın çəkilməsinin təxirə salınması, alkoqolizmdən, psixi xəstəliklərdən və ya narkomaniyadan məcburi müalicənin uzadılması və ya ləğv edilməsinə dair toplanmış sənədlərin məhkəməyə göndərilməsini təmin edir.
Eyni zamanda əfvetmə və amnistiya aktlarını, habelə hökmlərin dəyişdirilməsinə dair məhkəmə qərarlarının icrasına yönələn tədbirlər görür və nəzarət edir, həbs edilmiş şəxslərin və məhkumların şəxsi işlərində olan sənədlərdəki məlumatların elektron versiyasını yaradır və Baş idarənin Mərkəzi məlumat bazasına iki iş günü ərzində ötürülməsini təmin edir, müəssisə rəisinin göstərişi ilə həbs edilmiş şəxsin və ya məhkumun mülki hüquq və ailə-hüquq münasibətlərində iştirakı üçün notariat xidmətlərindən istifadə etməsinə şərait yaradır və müvafiq kitabda qeydlər aparır, penitensiar müəssisənin hüdudlarından kənara qısamüddətli səfərə getməsinə icazə verilmiş məhkumların müəyyən olunmuş qaydada sənədlərini tərtib edir və vaxtında qayıtmasına nəzarəti həyata keçirir.
Qeydiyyat qurumu penitensiar müəssisənin inzibati binasında və ya nəzarət-buraxılış məntəqəsinə yaxın sahələrdə yerləşdirilir, qurumun otaqları yanğın təhlükəsizliyi qaydalarına riayət olunmaqla etibarlı, kilidli olmalı, qapı dəmir örtüklə və pəncərələri dəmir barmaqlıqla, mərkəzləşdirilmiş siqnalizasiya sistemi ilə təchiz olunur. Həbs edilmiş şəxslərin, məhkumların şəxsi işləri və uçot sənədləri qeydiyyat qurumunun otağında dəmir dolablarda qorunub saxlanılır. İşdənkənar vaxtlarda qeydiyyat qurumunun otaqlarının qapıları möhürlənir. Həbs edilmiş şəxslərin və məhkumların qeydiyyat qurumlarında hər hansı işə cəlb edilməsi qəti qadağandır. Azərbaycan Respublikasının tərəfdar çıxdığı beynəlxalq müqavilələrə əsasən məhkumların cəza çəkmək üçün mənsub olduqları dövlətlərə verilməsi məsələsinə baxılarkən, onların barəsində məhkəmənin hökm və qərarları, müqavilədə nəzərdə tutulmuş toplu sənədlər müəssisənin möhürü ilə təsdiq edilərək müvafiq qərar qəbul edilməsi üçün Ədliyyə Nazirliyinin Beynəlxalq əməkdaşlıq idarəsinə göndərilir. Məhkumun şəxsi işinə ildə bir dəfə (yetkinlik yaşına çatmayan məhkum barədə hər altı aydan bir) tərbiyə işinin təşkili qurumu tərəfindən təqdim olunmuş xasiyyətnamə əlavə olunur. Penitensiar müəssisədən şəxsi işsiz bir gündən artıq olmayan müddətə göndərilmiş həbs edilmiş şəxs və ya məhkum müvəqqəti göndərilmiş hesab olunur. Həbs edilmiş şəxslərin və məhkumların penitensiar müəssisədən müalicə müəssisələrinə göndərilməsi Tibb baş idarəsinin göndərişi, mülki tibb müəssisələrinə isə Penitensiar xidmətin və Tibb baş idarəsinin birgə qərarı əsasında həyata keçirilir. Məhkumlar cəzaçəkmə müəssisələrindən istintaq təcridxanalarına məhkəmənin qərarına əsasən keçirilir və saxlanılırlar. Penitensiar müəssisənin uçotundan çıxarılmaqla gedən şəxslərin şəxsi əşyaları özlərinə verilir. Pul və qiymətli əşyalar sahibinə təqdim olunmur, həmin şəxslərin getdikləri yerlərə göndərilir. Əşya, pul və digər qiymətlilərin verilməsi və göndərilməsi qaydası xüsusi təlimatla müəyyən edilir. Əcnəbilər vətəndaşı olduqları ölkəyə verilərkən onlara məxsus pul və qiymətli əşyalar öz iştirakları ilə qəbul edən ölkənin nümayəndəsinə akta imza etdirməklə təhvil verilir. Həbs edilmiş şəxsin və ya məhkumun azad edilməsinə dair penitensiar müəssisəyə daxil olmuş qərar dərhal icra edilməlidir. Bu qaydanın pozulmasının hər bir faktı üzrə araşdırma aparılır və müvafiq tədbirlər görülür. Həbs edilmiş şəxsin və ya məhkumun azad edilməsi və yaxud məhkumun cəza müddətinin azaldılması barədə sənəd fiziki şəxs vasitəsi ilə və ya qeyri-məxfi poçtla daxil olduqda, bu barədə Baş idarəyə məlumat verilir və əlavə yoxlama aparılır. Bu halda qərarı çıxarmış orqandan telefaksla və ya teleqrafla təcili olaraq müvafiq təsdiq tələb olunur.
Azad edilmə və ya cəza müddətinin azaldılması barədə sənəd həbs edilmiş şəxsə və ya məhkuma imza etdirilməklə elan edilir və bir nüsxəsi ona təqdim olunur. Cəza çəkməkdən azad edilmiş şəxslərlə vaxtında hesablaşmaq, onları dövlət hesabına ərzaq, geyim, ayaqqabı ilə təmin etmək, onlara gediş haqqı ödəmək, həmçinin birdəfəlik pul müavinəti vermək məqsədilə qeydiyyat qurumu müvafiq xidmət sahələrini məlumatlandırır. Həbs edilmiş şəxsin və ya məhkumun borclu olması, onunla hesablaşmanın vaxtında aparılmaması və digər səbəblər onun azad edilməsinin gecikdirilməsi üçün əsas ola bilməz. Əcnəbi və vətəndaşlığı olmayan şəxslər cəza çəkməkdən azad edildikdə, onların dövlətlərinin Azərbaycan Respublikasındakı diplomatik nümayəndəliklərinə və konsulluqlarına və ya onlara himayədarlığı öz üzərinə götürmüş milli, yaxud beynəlxalq təşkilatlara, habelə Ədliyyə Nazirliyinə və Penitensiar xidmətə məlumat verilir. Cəza müddəti əfvetmə və ya amnistiya aktı ilə azaldılmış, lakin cəzanın qalan hissəsini çəkməkdə davam etmiş şəxslərə verilən azad olunma haqqında arayışda məhkəmə tərəfindən təyin olunmuş cəza müddəti qeyd edildikdən sonra, həmin müddətin əfvetmə və ya amnistiya qaydasında azaldılması göstərilir. Azad olunan məhkumun şəxsiyyət vəsiqəsi olmadıqda, əvvəlcədən onun alınması üçün tədbirlər görülür. Əcnəbilər və vətəndaşlığı olmayan şəxslər cəzadan azad edildikdə qanunvericiliyin tələblərinə uyğun olaraq cəzanın sonuna iki ay qalmış Dövlət Miqrasiya Xidmətinə müəyyən olunmuş formada məlumat göndərilir.
Həbs edilmiş şəxsin və ya məhkumun ölümü ilə əlaqədar qeydiyyatdan çıxarılması ölüm haqqında akta və tibbi arayışa əsasən həyata keçirilir. Penitensiar müəssisənin müdiriyyəti həbs edilmiş şəxsin və ya məhkumun ölümü barədə onun yaxın qohumlarından birinə dərhal məlumat verir. Ölmüş şəxsin qohumları digər şəhərdə (rayonda) yaşayırsa, onlara ölüm haqqında məlumat teleqraf vasitəsilə göndərilir. Ölmüş şəxsin yaşayış yeri məlum olmadıqda, ölüm haqqında məlumat penitensiar müəssisənin yerləşdiyi ərazi üzrə Qeydiyyat şöbəsinə göndərilir. Həbs edilmiş şəxsin və ya məhkumun ölümü barədə, həmçinin onun sərəncamında olduğu istintaq orqanına və ya məhkəməyə (hökm çıxarmış hakimə) bildirilir. Penitensiar müəssisədən qaçmış şəxs barədə onun sərəncamında olduğu istintaq orqanına və ya məhkəməyə, yaxud hökm çıxarmış məhkəməyə dərhal məlumat verilir. Azərbaycan Respublikasının İnsan hüquqları üzrə müvəkkilinə (ombudsmana), Milli preventiv qrupa, İnsan hüquqları üzrə Avropa Məhkəməsinə, BMT-nin insan hüquqlarının və azadlıqlarının müdafiəsi ilə məşğul olan qurumlarına, İşgəncələrin və qeyri-insani və ya ləyaqəti alçaldan rəftarın və ya cəzanın qarşısının alınması üzrə Avropa Komitəsinə həbs edilmiş şəxsin və ya məhkumun müraciəti göndərilməmişdən əvvəl, ona bu müraciətlərin göndərilməsi qaydası və prosedurları barədə məlumat verilir. Həmin müraciətlər Avropa Məhkəməsinə göndərildikdə ona həbs edilmiş şəxs və ya məhkum barəsində aidiyyəti məlumatlar və sənədlər əlavə olunur. Məhkumların adına gəlmiş məktubların verilməsi, habelə ünvan sahiblərinə məhkumların məktublarının göndərilməsi məktubun gəldiyi və ya məhkum tərəfindən verildiyi gündən ən geci üç gün müddətində penitensiar müəssisəsinin müdiriyyəti tərəfindən həyata keçirilir.
Teleqramlar məhkuma penitensiar müəssisəsinin müdiriyyəti tərəfindən təxirə salınmadan verilir. Penitensiar müəssisələrdə saxlanılan əcnəbilərin və vətəndaşlığı olmayan şəxslərin Azərbaycan Respublikasının dövlət idarə və təşkilatlarına, ictimai təşkilatlara, qeyri-hökumət təşkilatlarına, habelə bu şəxslərin vətəndaşı olduğu və ya daimi yaşadığı dövlətlərin Azərbaycan Respublikasındakı diplomatik nümayəndəliklərinə, konsulluqlarına və ya onlara himayədarlığı öz üzərinə götürmüş milli, yaxud beynəlxalq təşkilatlara ünvanlanmış müraciətləri ümumi qaydada göndərilir. Həbs edilmiş şəxs və ya məhkumla nikahın bağlanmasına dair ərizə daxil olduqda, həmin şəxs ərizənin özünə aid hissəsini doldurur və qeydiyyat qurumuna ərizədə göstərilən məlumatları dəqiqləşdirmək məqsədi ilə təqdim edir. Qeydiyyat qurumu dəqiqləşdirmə apararaq həbs edilmiş şəxsin və ya məhkumun imzasını və ərizədə göstərilən məlumatların doğruluğunu təsdiq etmək məqsədi ilə müəssisə rəisinə təqdim edir və aidiyyəti üzrə göndərir. Qeydiyyat şöbəsi nikahın bağlanmasını məqsədəmüvafiq hesab etdikdə qanunvericiliyin tələblərinə uyğun olaraq digər sənədlər, o cümlədən Tibb baş idarəsi tərəfindən aparılan müayinənin nəticələrinə dair tibbi arayış aidiyyəti üzrə təqdim edilir.
