Naxçıvan Muxtar Respublikasının Konstitusiyasında edilən dəyişikliklər muxtariyyatın hüquqi mahiyyəti və idarəetmə mexanizmləri baxımından geniş müzakirələrə səbəb olub. Qəbul edilən Konstitusiya Qanunu layihəsi Naxçıvanın statusunu ləğv etmir, lakin muxtariyyatın idarə olunma formasında ciddi institusional və səlahiyyət bölgüsü dəyişikliklərini nəzərdə tutur. Bu dəyişikliklər əsasən mərkəzi icra hakimiyyətinin rolunun gücləndirilməsi, Naxçıvan Muxtar Respublikasının dövlət idarəçiliyində Azərbaycan Respublikasının Prezidentinin səlahiyyətlərinin artırılması istiqamətindədir.
Layihədə Azərbaycan Konstitusiyasında mövcud olan Naxçıvanın Azərbaycanın ayrılmaz tərkib hissəsi olması ilə bağlı müddəanın Naxçıvan MR Konstitusiyasında da birbaşa təsbit edilməsi hüquqi baxımdan simvolik deyil, sistemli xarakter daşıyır. Bu, muxtariyyatın statusunu dəyişməkdən daha çox onun Azərbaycan dövlətçiliyi daxilində yerini daha dəqiq və birmənalı şəkildə müəyyənləşdirir. Burada əsas vurğu Naxçıvanın ayrıca siyasi subyekt deyil, vahid dövlət mexanizminin tərkib hissəsi olmasıdır.
Konstitusiyaya əlavə edilən Azərbaycan Prezidentinin səlahiyyətli nümayəndəliyi institutu faktiki olaraq Naxçıvanda icra hakimiyyətinin vertikal strukturunu gücləndirir. Səlahiyyətli nümayəndənin birbaşa Prezidentə tabe olması Naxçıvanın idarə edilməsində mərkəzi nəzarətin artması deməkdir. Bu, muxtariyyatın formal mövcudluğunu aradan qaldırmasa da, onun real siyasi manevr imkanlarını daraldır və muxtariyyatın daha çox inzibati xarakter daşımasına gətirib çıxarır.
Ali Məclisin buraxılması mexanizminin Konstitusiyada əksini tapması, eləcə də Ali Məclis sədrinin seçilməsi, deputatların statusu, iclasların qapalı keçirilməsi və qanunların qəbulunda səs çoxluğunun dəqiqləşdirilməsi Naxçıvan parlamentinin səlahiyyətlərini daha sərt hüquqi çərçivəyə salır. Xüsusilə Ali Məclis sədrinin yerli icra başçılarını təklif etməsi, lakin təyinatın Prezident tərəfindən həyata keçirilməsi icra hakimiyyətində muxtar qərarvermənin məhdudlaşdırıldığını göstərir. Nazirlər Kabinetinin Ali Məclisə tabe olmaması və fəaliyyət qaydasını Prezidentlə razılaşdırması da eyni tendensiyanın davamıdır.
Bu dəyişikliklər fonunda əsas sual Naxçıvanın muxtariyyat statusunun dəyişib-dəyişməməsi və bunun 1921-ci il Moskva və Qars müqavilələrinə təsiridir. Hüquqi baxımdan muxtariyyat statusu ləğv edilmir, çünki Naxçıvan hələ də muxtar respublika olaraq qalır və bu status həm Azərbaycan Konstitusiyasında, həm də beynəlxalq sənədlərlə tanınmış hüquqi çərçivədə mövcuddur. Lakin muxtariyyatın məzmunu dəyişir: siyasi muxtariyyatdan daha çox inzibati muxtariyyat modelinə keçid müşahidə olunur.
1921-ci il Moskva və Qars müqavilələri Naxçıvanın Azərbaycanın himayəsi altında muxtar ərazi olmasını və üçüncü dövlətə verilməsinin qadağan edilməsini təsbit edib. Bu müqavilələr Naxçıvanın Azərbaycanın tərkibində qalmasını təmin edən beynəlxalq hüquqi zəmanətlərdir. Hazırkı konstitusiya dəyişiklikləri bu əsas prinsiplərə toxunmur. Naxçıvan nə Azərbaycanın tərkibindən çıxarılır, nə də statusu beynəlxalq müqavilələrə zidd şəkildə dəyişdirilir. Əksinə, Naxçıvanın Azərbaycanın ayrılmaz hissəsi olması daha açıq və birmənalı şəkildə vurğulanır ki, bu da Moskva və Qars müqavilələrinin ruhuna zidd deyil.
Beləliklə, edilən dəyişikliklər Moskva və Qars müqavilələrinin hüquqi taleyinə birbaşa təsir etmir. Həmin müqavilələr qüvvədə qalır və Naxçıvanın beynəlxalq hüquqi statusu dəyişmir. Dəyişən əsas məsələ daxili idarəetmə modelidir. Azərbaycan dövləti Naxçıvan üzərində konstitusion nəzarəti gücləndirərək vahid dövlət idarəçiliyi prinsipini ön plana çıxarır. Bu isə muxtariyyatın ləğvi deyil, onun yenidən tənzimlənməsi və mərkəzləşdirilmiş idarəçilik çərçivəsinə adaptasiyası kimi qiymətləndirilə bilər.
Akif NƏSİRLİ